微生物除臭剂虽然生物脱臭具有传统方法不可比拟的优越性和性，应用前景相当广阔，但是微生物除臭技术仍有许多亟需解决的问题：4.1 混菌除臭工艺有待优化根据不同类型的恶臭气体针对性使用相应的除臭微生物一般能够起到的除臭效果，然而无论是通过生物途径还是非生物途径产生的恶臭气体均多为多种恶臭物质的混合物，因此生物除臭装置或微生物除臭剂中的微生物群均由多种除臭微生物构成。微生物群构成虽基本能按照各类型菌株生理特性、新陈代谢特性进行组合，然而仍存在部分协同作用强，但因生理特性差异较大而难以协调生长，从而使得混菌体系不能实现除臭效果。优良除臭菌株的筛选与驯化以及不同类型除臭菌株协同效应、机制的研究将有利于该问题的解决。4.1 高浓度恶臭气体物质的对微生物的毒害问题高浓度条件下的恶臭气体或通过改变溶液中的pH，或直接对微生物产生毒害作用，从而降低微生物除臭剂的作用效果。如高浓度甲醛废水不适合用生物法处理。因此，对高浓度恶臭气体耐受性高的菌株筛选、能自动调节pH和温度等反应参数的除臭装置发明使用将是解决这一问题的关键。4.3 生物除臭反应器的优化现有生物除臭反应器，如生物滤床法、活性污泥法等虽在操作工艺、运营成本上占有优势，但存在占地面积大的缺点，反应器的小型化以及主装置和各辅助装置的一体化是解决这一问题的关键。同时，生物除臭反应器内应增加温度、pH、溶氧量、湿度、恶臭浓度等检测传感器，实现更高程度的专业化和自动化，在实现对恶臭气体更彻底的净化的同时，也起到解放人力，降低营运成本的作用。